Enquanto Ash, Misty e Tracey viajam num barco, Giraldan, um colecionador de bichinhos pokémon, prepara seu mais novo plano: capturar o raro Lugia. Para tanto, provoca uma catástrofe climática quando ataca e retira de suas ilhas os três pássaros sagrados: Moltres, o pássaro-guardião de fogo; Zapdos, o pássaro-guardião do trovão; e Articuno, o pássaro-guardião do gelo. Para evitar o completo colapso do mundo em que vivem, os pokémons e seus treinadores resolvem se unir para enfrentar juntos Giraldan.
